CT和磁力共振這兩種檢查方法，由于成像原理不同，各自檢查的適應癥是不同的。
　　(CT)檢查說到底是X線檢查，它可進行全身各臟器掃描，掃描速度快，幾秒或十幾秒時間，就可進行某個器官或全身的檢查。
　　但和普通X線檢查一樣，過度進行CT檢查，對人體的輻射量有明顯的危害，特別是兒童，更不要頻繁做。
　　(MRI)磁力共振，是利用磁場和無線電脈沖成像，一種較安全的檢查，適合任何人群，包括兒童和孕婦。
　　但磁共振的應用以前受到一些限制，主要是掃描速度慢，現在改變為全數字化的磁共振設備，掃描的時間越來越快，讓病人受益很多。以前做一個腹部檢查需要大約50分鐘，甚至更長時間，現在10分鐘左右就解決問題。又如做腦神經系統掃描，現在只要8分鐘左右，甚至更快。以前，一些微小的病變可能看不清楚，一些組織器官或病變或的內部結構，在圖像上顯示得模棱兩可，現在可顯示得較清晰了。
　　磁力共振的檢查時間，雖然比以前快了很多，但和CT比較仍然較慢；另外磁力共振檢查時噪聲大，雖然進行了一些降噪處理，要完全去除噪聲，目前仍需一段時間，所以檢查時，醫生會給病人帶上耳塞，以減輕噪聲對病人的心理影響。
　　CT和磁力共振，從檢查功能上來講，有重疊的地方，但又不能相互替代，要根據病人具體情況選擇。
　　對于軟組織病變、腫瘤等，作磁力共振檢查的分辨率高于CT。
　　所以，一般神經系統(包括腦、脊髓)、腹部實質性器官(肝、胰腺、腎臟)、乳腺及身體各部位的關節，以及全身的軟組織等，磁力共振檢查有優勢。
　　對于像肺、胃腸這樣含氣的器官，或者想了解冠狀動脈的情況，CT檢查是首選。